Chloroplast genomes of Simarouba Aubl., molecular evolution and comparative analyses within Sapindales.

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Autores da FMUP

  • Rui Manuel Lopes Nunes

    Autor

Participantes de fora da FMUP

  • Almeida-Silva MA
  • Braga-Ferreira RS
  • Targueta CP
  • Corvalán LCJ
  • Silva-Neto CM
  • Franceschinelli EV
  • Sobreiro MB
  • Telles MPC

Unidades de investigação

Abstract

Simarouba, a neotropical genus in the family Simaroubaceae, currently lacks comprehensive genomic data in existing databases. This study aims to fill this gap by providing genomic resources for three Simarouba species, S. amara, S. versicolor, and S. glauca. It also aims to perform comparative molecular evolutionary analyses in relation to other species within the order Sapindales. The analysis of these three Simarouba species revealed the presence of the typical quadripartite structure expected in plastomes. However, some pseudogenization events were identified in the psbC, infA, rpl22, and ycf1 genes. In particular, the CDS of the psbC gene in S. amara was reduced from 1422 bp to 584 bp due to a premature stop codon. Nucleotide diversity data pointed to gene and intergenic regions as promising candidates for species and family discrimination within the group, specifically matK, ycf1, ndhF, rpl32, petA-psbJ, and trnS-trnG. Selection signal analyses showed strong evidence for positive selection on the rpl23 gene. Phylogenetic analyses indicated that S. versicolor and S. glauca have a closer phylogenetic relationship than S. amara. We provide chloroplast genomes of three Simaruba species and use them to elucidate plastome evolution, highlight the presence of pseudogenization, and identify potential DNA barcode regions.

© 2024. The Author(s).

Dados da publicação

ISSN/ISSNe:
2045-2322, 2045-2322

Scientific Reports  Nature Publishing Group

Tipo:
Article
Páginas:
21358-21358

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Keywords

  • psbC; Phylogeny; Plastome; Pseudogenization; Selection signal; Simarouba

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