Chloroplast genomes of Simarouba Aubl., molecular evolution and comparative analyses within Sapindales.
Autores da FMUP
Participantes de fora da FMUP
- Almeida-Silva MA
- Braga-Ferreira RS
- Targueta CP
- Corvalán LCJ
- Silva-Neto CM
- Franceschinelli EV
- Sobreiro MB
- Telles MPC
Unidades de investigação
Abstract
Simarouba, a neotropical genus in the family Simaroubaceae, currently lacks comprehensive genomic data in existing databases. This study aims to fill this gap by providing genomic resources for three Simarouba species, S. amara, S. versicolor, and S. glauca. It also aims to perform comparative molecular evolutionary analyses in relation to other species within the order Sapindales. The analysis of these three Simarouba species revealed the presence of the typical quadripartite structure expected in plastomes. However, some pseudogenization events were identified in the psbC, infA, rpl22, and ycf1 genes. In particular, the CDS of the psbC gene in S. amara was reduced from 1422 bp to 584 bp due to a premature stop codon. Nucleotide diversity data pointed to gene and intergenic regions as promising candidates for species and family discrimination within the group, specifically matK, ycf1, ndhF, rpl32, petA-psbJ, and trnS-trnG. Selection signal analyses showed strong evidence for positive selection on the rpl23 gene. Phylogenetic analyses indicated that S. versicolor and S. glauca have a closer phylogenetic relationship than S. amara. We provide chloroplast genomes of three Simaruba species and use them to elucidate plastome evolution, highlight the presence of pseudogenization, and identify potential DNA barcode regions.
© 2024. The Author(s).
Dados da publicação
- ISSN/ISSNe:
- 2045-2322, 2045-2322
- Tipo:
- Article
- Páginas:
- 21358-21358
Scientific Reports Nature Publishing Group
Documentos
- Não há documentos
Filiações
Keywords
- psbC; Phylogeny; Plastome; Pseudogenization; Selection signal; Simarouba
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Citar a publicação
Almeida MA,Braga RS,Targueta CP,Corvalán LCJ,Silva CM,Franceschinelli EV,Sobreiro MB,Nunes R,Telles MPC. Chloroplast genomes of Simarouba Aubl., molecular evolution and comparative analyses within Sapindales. Sci. Rep. 2024. 14. (1):p. 21358-21358. IF:4,600. (2).